וְנָתַתָּ אֶת הַכַּפֹּרֶת עַל אֲרוֹן הָעֵדֻת בְּקֹדֶשׁ הַקֳּדָשִׁים (כו, לד)
מדוע נכתבה הנחת הכפורת לאחר הבאת הארון, והרי בפרשת פקודי הסדר שונה, שנכתב ארון העדות לפני הפרוכת?
רמב"ן: התורה לא מצווה לעשות בסדר הזה, לשים תחילה את הפרוכת תחת הקרסים ולאחר מכן להביא לשם את הארון, אל מבית לפרוכת, ובשלב הבא לשים את הכפורת על ארון העדות בקדש הקדשים, שהרי בפסוקים מורה התורה רק על עשיית המשכן, ולא את סדר הקמתו.
אור החיים: לאחר שכתבה התורה את תפקידי הפרוכת ומטרתה, פירטה גם את מיקומה במשכן, אולם סדר הפעולות בהקמת המשכן מתואר בפרשת פקודי.
רש"ר הירש: "יש לשים לב על כך, שהכתוב מקדים את נתינת הפרוכת לנתינת הכפורת על ארון העדות. הכתוב מטעים אפוא את חשיבות ההבדלה לגבי הכפורת ולגבי כל משמעות סמליותו. בשעת הקמת המשכן הקדימו להביא את הארון, עם הכפורת אשר עליו, אל המשכן, ורק לאחר מכן שמו את פרוכת המסך המבדילה".
הנצי"ב מוולוז'ין: מסדר הפסוקים למד משה שיביא את הארון עם הכפורת, אבל עדיין לא תהיה מסודרת כראוי על הארון. רק כשיכניסנו לקודש הקדשים, יסדר את הכפורת על הארון, שייקרא 'ארון העדות'.